İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesi Alpay’ın avukatının Anayasa Mahkemesi’nin verdiği hak ihlali kararına dayandırarak yaptığı itirazı reddetmesini şu gerekçelerle açıkladı:
“Anayasa Mahkemesi’nin somut olayda otomatik olarak sanığın tahliyesi sonucunu doğuracağını kabul etmek hukukun genel ilkelerine, Anayasa’daki mahkemelerin bağımsızlığı, mahkemelere emir ve talimat verilemeyeceği ve telkinde bulunulamayacağı yönündeki düzenlemelere, doğal hakim güvencesi başta olmak üzere bir çok yargılamaya dair ilkelin ihlali sonucunu doğuracaktır. Zira mahkemenin esastan inceleme yapan temyiz mercii kararına dahi direnme hakkı vardır. Kanun yolu incelemesi sonucunda mercii, sanığın tahliyesi kararına varırsa yargılamayı yapan mahkemeye bu yönde bir talimat verememekte, kendisi tahliye işlemini gerçekleştirmektedir. Aynı şekilde itiraz üzerine mahkememizce olası bir itirazın kabulü durumunda tahliye işlemi mahkememiz tarafından yapılabilecek olup tahliyeye yönelik İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi’ne bir talimat verme yetkimiz bulunmamaktadır. Tüm bu değerlendirmeler Anayasa Mahkemesi’nin bireysel başvuru sonucunda hak ihlaline karar vermesinin otomatik olarak tahliye sonucunu doğurmadığını göstermektedir”
Üst mahkeme, sanığın kaçma şüphesinin bulunduğunu belirterek İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi’nin verdiği tutukluluğun devamına yönelik kararın usul ve yasaya uygun olduğunu belirterek itirazın reddine karar verdiğini belirtti.