İddianamede, dünya genelinde 160 ülkede faaliyet gösteren ve binlerce mensubu olan örgütün en önemli haberleşme aracının GSM hatları olduğu ifade edilirken, bu hatların genellikle başkası adına kayıtlı ya da örgüt kontrolündeki kurum/kuruluş adına kayıtlı olan, abone bilgilerinden gerçek kullanıcısına ulaşılamayan hatlar olduğu tespitine yer verildi. Kuryenin en güvenli iletişim ağı olarak tercih edildiği kaydedilen iddianamede, bunun dışında internet üzerinden haberleşmeyi sağlayan programlardan da şifreli olarak iletişim kurulduğu vurgulandı. Örgüt mensuplarının haberleşmelerde isim kullanmamaya azami özen gösterildiği tespitine de yer verilen iddianamede, şu ifadelere yer verildi:

ŞİFRELİ İFADELER…

‘Örgüt mensupları, tedbir olarak haberleşme araçlarını değiştirdikleri gibi isim zikretmekten imtina etmekte, ‘abi’ ya da ‘hocam’ şeklinde genel ifadeler kullanılmaya özen gösterilmekte, il ve ilçe imamları ise genel olarak kod isim kullanmaktadırlar. Örgütsel görüşmeler sırasında ‘hizmet, şakirt, Fetullah Gülen, cemaat’ gibi kelimelerin telefonda zikredilmemesine özen gösterilmekte, buluşma yeri söyleneceği zaman şifreli ifadeler kullanılmasına önem verilmektedir. Örgüt toplantılarında verilen talimatlar ufak kağıtlara yazılmakta hatta bunların lüzumu dahilinde yok edilebilmesi için yenilebilir özellikte olması sağlanmaktadır.’