İstanbul Başakşehir Futbol Kulübünden yapılan açıklamada, ‘Kulübümüz, başarılı futbolcu Soner Aydoğdu ile 3 yıllık anlaşmaya varmıştır. Yeni transferimiz Soner Aydoğdu’ya, ‘aramıza hoş geldin’ diyor, turuncu-lacivertli formamız altında başarılar diliyoruz’ denildi.
2015-2016 sezonunun devre arasında Teleset Mobilya Akhisarspor’a transfer olan Soner, 2,5 sezon yeşil siyahlı ekibin formasını giydi. 27 yaşındaki orta saha oyuncusu, geride kalan sezon ligde 28 müsabakada 7 gol kaydetti.